Google Analyticsでは、その購入を行ったユーザーが今回、どの経路でサイトに来訪したかによって、その来訪経路に購入が付与されます。

一方EC Boosterでは、広告をクリックした後30日以内に購入した場合、そのクリックに対して売上が付与されます。

そのため、広告をクリックした後、一度サイトを離脱し、別の経路でサイトに流入したユーザーに関しては、EC Booster上では売上が付与されるが、Google Analyticsでは、EC Booster経由の売上とはカウントされません。そのため、売上金額の違いが発生いたします。

Google公式のヘルプもご参照ください。